Hablar de Juan Román Riquelme es sinónimo de hablar de Boca Juniors, mas allá de que el enganche tuvo un paso por Europa de 2002 a 2007 (en Barcelona y Villareal) y terminó su carrera en 2014 ascendiendo al equipo que lo vio nacer (Argentinos Juniors), su lugar en el mundo siempre fue Brandsen 805. En el Xeneize disputó 388 oficiales, convirtió 92 goles y dio 153 asistencias; reflejando que para él una asistencia es tan importante como un gol, llegando a ser en 2014 el jugador con mas asistencias en la historia del fútbol (247). También salió campeón en cinco torneos locales, una Copa Argentina, una Recopa Sudamericana, tres Libertadores y una Intercontinental. Logrando cada título en diferentes etapas de su carrera y con distintos jugadores-entrenadores, pero siempre como principal protagonista, siendo conductor y figura clave del equipo. Además, hasta la actualidad, es el futbolista que mas partidos jugó en la Bombonera (206) y es el máximo goleador del conjunto de La Ribera en la Copa Libertadores. Mas allá de todo lo que ha ganado Riquelme, que es muchísimo, no es eso solo lo que lo hace el jugador mas influyente de la historia de Boca. Para ganarse ese lugar, el de ídolo máximo, mucho tuvo que ver su forma de manejarse tanto adentro de la cancha como afuera. Sabiendo que por su estilo de juego no encajaba con el "paladar xeneize", que se caracterizó más por la entrega y el sacrificio, pero que después del día de su debut (el 10 de noviembre de 1996), iba a cambiar.
Riquelme siempre fue un jugador distinto en Boca, en la cancha observaba cosas que nadie veía y mientras todos corrían, sin pensar para qué o hacia dónde, él hacía correr la pelota. En sus comienzos fue un líder netamente futbolístico, siempre pedía la pelota haciéndose cargo del juego del equipo, rodeado de jugadores de experiencia como Serna, Basualdo y Cagna y formando un tridente ofensivo con Guillermo Barros Schelotto y Martín Palermo. Luego al líder futbolístico le agregaría lo humano, lo extrafutbolístico. Además de ordenar a sus compañeros como un técnico dentro de la cancha, ya con varios jóvenes como Banega, Ledesma y Neri Cardozo, los aconsejaba en como manejarse fuera de la cancha y se encargaba de que nos les falte nada. Un líder en todo sentido, que donde entraba a la cancha se transformaba, además de su talento y visión de juego, siempre se le valoró el hecho de aparecer en los partidos mas difíciles; los partidos con River por los cuartos de final de la Libertadores 2000, la finales Intercontinentales ante el Real Madrid y frente al Bayer Munich, las semifinales de la Libertadores 2001 con Palmeiras y en las finales de la Libertadores 2007 contra el Gremio entre los mas importantes.
Sus primeros grandes partidos con la azul y oro fueron en los superclásicos de la Libertadores con River, en los que Riquelme convirtió un golazo de tiro libre en el partido de ida, que sería derrota por 2 a 1. En la vuelta, victoria para el Xeneize por 3 a 0, asistiría a Delgado en el primer gol, convertiría el segundo de penal y le haría un caño a el colombiano Yepes que quedaría en la historia como "El caño mas bello del mundo" (título del gran libro de Diego Tomasi). Posteriormente, ya una vez retirado, confesaría que era el partido que mas disfrutaba jugar y así lo marcaría en alguna oportunidad: "Contra River siempre hacía un gol o un pase gol", decía Riquelme donde siempre se vieron sus mejores encuentros e incluso en las pocas veces que terminó con derrota (jugo 19 clásicos oficiales, con 9 triunfos, 7 empates y 3 derrotas).
Luego de consagrarse campeón de América frente al Palmeiras, llegó en el mismo año la final Intercontinental frente al poderoso Real Madrid y Boca se impondría ganando por 2 a 1 al conjunto merengue con dos goles de Palermo y la gran figura de Riquelme. Que además de darle una magnifica asistencia al "Titán" en el segundo gol, manejó los tiempos del partido y escondió la pelota para que el equipo aguantara la victoria contra un rival que se venía con todas sus figuras (Roberto Carlos, Makelele, Guti, Raul y Figo, este último era el mejor jugador del mundo elegido por FIFA) en búsqueda del empate, después del descuento del brasilero Roberto Carlos. Una igualdad que no llegó y así, el equipo conducido por Carlos Bianchi desde el banco y por Juan Román Riquelme desde el campo sería el nuevo campeón del Mundo. Una vez terminado el partido, mientras todo el hincha de Boca festejaba, el diez fue a pedirle a Figo la camiseta que antes de viajar le había encargado su padre y le llevaría junto a la copa. El mismo Luis Figo cuando fue consultado por el enganche de Boca decía, "La habilidad y simpleza de Riquelme a la hora de jugar es algo admirable para todo futbolista".
En 2001 llegó la serie contra el Palmeiras en la semifinales de la Libertadores, con un Boca que quería defender el título de campeón de América, pero ya no contaba con la presencia de su goleador Martín Palermo. Si bien mantuvo la base campeona, ahora la delantera estaba formada por Guillermo Barros Schelotto y Marcelo Delgado, aunque en el partido de ida jugó con Antonio Barijho en lugar de Delgado (lesionado) y justamente Barijho fue el autor de uno de los tantos, tras una gran jugada de Riquelme que apilo varios rivales y lo asistió dentro del área. Fue empate 2 a 2 frente a los brasileños y el primer tanto de Boca lo había convertido el mellizo Guillermo Barros Schelotto. Un panorama difícil para la vuelta en Brasil, ya que no solo tenía que ir a ganar, sino que además llegaba con varias bajas por lesión y el Virrey tendría que improvisar con una delantera formada por Walter Gaitán y Cristian Giménez. Nuevamente sería empate 2 a 2, con goles de Gaitán y Riquelme, pero pasaría Boca por penales con Oscar Córdoba como una de las figuras atajando dos penales. La otra figura sería la de Riquelme, quién haría un golazo arrancando de izquierda al medio y rematando cruzado entre las piernas del defensor. Un partido que marcaría al diez para siempre, ya que los brasileños quedarían enamorados de su juego, como es el caso del delantero brasileño Ronaldo quién se declaró admirador de Román y expresó: "Le vi hacer cosas increíbles con el balón. Tiene talento y es un líder. Y que no digan tonterías, que es lento y esas cosas; todo Brasil se quedó alucinado cuando se enfrentó al Palmeiras por la Copa Libertadores. Sólo un fenómeno hace lo que él hizo esa noche". Este sería el comienzo de una paternidad del enganche con los equipos del país del jogo bonito y el pase a una nueva final de Copa Libertadores.
Si bien en el Xeneize fue dirigido por varios entrenadores con Carlos Bianchi fue con quién tuvo su mejor rendimiento y la mejor relación, como de padre a hijo, llegando a lograr juntos tres torneos locales, dos Libertadores y una Intercontinental. Riquelme con Bianchi vivieron dos etapas en Boca, la primera fue de mitad del 98 hasta diciembre del 2001 y fue la más exitosa. Donde el Virrey le dio mucha libertad a la hora de moverse en la cancha y a la vez le quito responsabilidades en la marca para que solo se centrara en jugar a la pelota. Lo rodeo de jugadores experimentados que le fueron marcando el camino y lo cuido como a un hijo, aconsejándolo y mimándolo ante cualquier crítica, tanto que Riquelme llego a decir que para el Bianchi era como su padre. Este fue el comienzo de un amor que los volvería a encontrar once años después y en un contexto totalmente distinto, pero eso sería mas adelante.
A pesar de que mucha gente de poder (Macri-Angelici) no lo quería mas en el club en 2011 por decisión del presidente Amor Ameal, quién había asumido en 2008 tras el fallecimiento de Pedro Pompilio, Boca le renovaría al diez por cuatro años mas y pasaría a quedar para siempre en la historia del club, ya que a mitad de ese mismo año se inauguraría un monumento de el. Un Riquelme emocionado y entre lagrimas, como pocas veces se lo vio, decía "Es una de las emociones mas grande como futbolista. Jamás imaginé que esto iba a sucederme. Siempre soñé con ponerme la camiseta de Boca, pero esto es demasiado. Ahora voy a estar para siempre en el club. Creo que están locos (los hinchas). Esto es demasiado, jamás voy a poder devolverles lo que me han dado. No voy a olvidarme nunca. Tampoco mi familia. Nací bostero como mi papá y voy a morirme bostero como todos ustedes". Luego el Xeneize se consagraría campeón invicto del apertura y con 12 puntos de ventaja, con Julio Falcioni como técnico, quién de entrada quiso jugar sin enganche y prescindir de Riquelme pero terminó adaptándose al esquema clásico de 4-3-1-2; con cuatro defensores, tres volantes, un enganche y dos puntas, incluso en los partidos finales cuando se lesionó el diez y puso al "Pochi" Chávez como conductor del equipo. Riquelme volvía a ser nuevamente campeón con Boca, esta vez sin tener un entrenador que lo quiera, se adaptó a un equipo armado mas para defender demostrando ser un verdadero capitán y líder positivo, apareciendo en los partidos importantes para encaminar el campeonato. Logrando así su décimo título en el club y preparándose para una nueva Libertadores, su gran objetivo, aunque ahora bajo la conducción de Daniel Angelici, un "delfín" de Macri, que había sido tesorero en la anterior gestión y quién había renunciado tras negarse a firmar el contrato por cuatro años de Riquelme.
Las finales contra el Gremio de Porto Alegre fueron de las mejores funciones que se le han visto a Riquelme, como ya se había hecho costumbre, volvió a ser la gran figura contra un equipo brasileño y convirtió un gol en el 3 a 0 en la primera final en la Bombonera y dos goles en la vuelta en Brasil, donde pudo haber hecho tres pero decidió cederle a Palermo un penal que este lo erro en el final del partido. Convirtiendo así tres de los cinco tantos del 5 a 0 global con mas ventaja en la historia de las finales de Libertadores (el anterior había sido el 5 a 1 de Boca a Santos en la final del 2003 con Carlos Bianchi como técnico del Xeneize). Este sería, para muchos, el mejor Riquelme ya que combinaba liderazgo futbolístico (como en su primera etapa) pero ahora también un liderazgo de grupo que estaba mas allá de lo que pasaba dentro de la cancha. Siendo el goleador del equipo con 8 tantos en 11 encuentros y elegido el mejor jugador de la final de la Copa Libertadores.
Tras ganar su tercera Libertadores (sexta del club) el enganche volvió al Villareal, club dueño de su pase, pero sabiendo que su futuro estaba en la Boca. Después de idas y vueltas en las negociaciones el club de La Ribera conducido por Pedro Pompilio, decidió comprarlo, aunque por falta de tiempo no pudo utilizarlo en el Mundial de clubes y Boca terminó cayendo 4 a 2 frente al Milán. Su tercera etapa comenzaría en 2008 con un contrato hasta 2010, el tema del contrato no sería un detalle menor ya que luego un tal Daniel Angelici (por entonces tesorero del club) se negaría a renovarle el contrato por 4 años y renunciaría a su cargo, para luego postularse como presidente. En este 2008, ya sin Bianchi y sin Russo como las anteriores etapas pero con Carlos Ischia un ex ayudante de campo del Virrey que también supo hacer brillar a Riquelme. Boca se quedaría en las puertas de una nueva final de Libertadores, tras perder en semifinales contra el Fluminense, en un llave muy pareja en la que el diez volvió a demostrar su gran figura. En la segunda mitad saldría campeón de la Recopa Sudaméricana, superando 3 a 1 a Arsenal de Sarandí en la ida y empatando 2 a 2 en la vuelta con un golazo de tiro libre del diez en el final del partido y también lograría el apertura 2008, con un Palermo lesionado y gran cantidad de juveniles en el plantel, Riquelme quedaría como único referente y líder de Boca. Aunque luego en 2009 y 2010 llegarían años malos futbolísticamente en los que el equipo fue cambiando varios entrenadores (Abel Alves, Alfio Basile, Roberto Pompei y Claudio Borghi), con un Riquelme bajo desde lo físico y con muchas lesiones, se comenzó a cuestionarlo desde el periodismo y desde varios dirigentes vinculados al macrismo, anticipando lo que se vendría con Angelici. Sin embargo siempre contó con el apoyo del hincha, que respaldó ante cualquiera que lo criticara, aún si este se llamase Maradona. Que en un programa de televisión y siendo el técnico de la Argentina, cuestionó a Riquelme y este último decidió renunciar a la selección con el respaldo total del hincha boquense y con toda una Bombonera que tomó partido por el.
Llegaba así su cuarta etapa en Boca, segunda con Bianchi de entrenador, pero que a diferencia de la anterior no iba a ser tan exitosa. Aunque si se dieron el gusto de festejar nuevamente en tierras brasileñas, eliminando al Corinthians (el campeón del mundo en ese momento) en octavos de final. Tras ganarle 1 a 0 en el partido de ida jugado en La Bombonera con gol de Nicolas Blandi y empatando en Brasil 1 a 1 con un golazo de Riquelme, similar al de la final de 2007 de fuera del área. Pero el sueño copero se derrumbó en cuartos de final de la Libertadores, donde perdería por penales con el Newells de Gerardo el "Tata" Martino, en una serie muy pareja que terminó con los dos encuentros en empate y sin goles. Un Boca sólido atrás como todos los equipos del Virrey y comandado adelante como siempre por el diez. Como había anticipado Román en el momento de volver, esta sería una etapa de sufrimiento para los ídolos Xeneizes, no solo por lo futbolístico, también por las críticas desmedidas que llegaban desde el periodismo y además también por el manoseo de la dirigencia con la no renovación del ídolo.